微生物在农业中的作用，微生物与有机农业土壤微生物的功用

有益土壤微生物除了转变有机质为肥分之外，它对促进植物生长贡献甚巨，其功用可略分如下：

分解有机物质：土壤中有机质必须经过微生物分解成可溶于水的营养分之后，才能为植物所吸收，同时微生物也必须靠这些物质分解时，取得能量与养分，才能大量繁殖以发挥其功能。此外，微生物分泌的各种有机养分及其代谢物也可供植物吸收。

土壤改良：微生物的繁殖除了可分泌大量多醣类黏液、促使土壤团粒化外，并可排出各种气体，包括二氧化碳、甲烷气。每1公克土壤之中，平均含有1亿个微生物体，其排出之气体与气压足以疏松土质、增进土壤空隙度与耕耘深度。丝状菌的大量繁殖，其菌丝之繁衍亦有助于土壤之改良。土壤微生物除了此类直接影响土壤物理性质的作用外，它并可分泌大量生化物质，包括胺基酸、核酸、醣类、活性酵素、抗菌物质、溶磷物质等等，以改良土壤生物性、化学性，并能抑制病原菌的增殖。

拮抗作用：微生物在土壤中的密度达到一定限度时，为了确保自己生存的环境，微生物将分泌一些对其他微生物之生存具有抑制作用的物质或方法，如噬食、寄生或杀菌物质、溶菌物质的分泌，此为「拮抗」作用，能够产生拮抗作用的微生物即称之为 「拮抗微生物」。在土壤微生物，如果含有足够的拮抗微生物，则土壤中，甚至于植物体中的病原菌即可减少，甚至灭绝，如此可减少农药的需求量，以期将来进入完全不用农药的有机农业、自然农业的境界。

造肥作用：空气中含有80%的氮气，但是这种气态的氮分子（N₂）植物不能吸收利用，必须经过固氮菌的作用才能供给植物吸收。其实，整个大自然的氮气循环不已，称之为「氮循环」，植物吸收氮肥而成长，动物又摄食植物而成长，最后两者的尸体及动物排弃物，均需由微生物来将它腐化，其结果氮素以氨气的形态产生，此氨气又由亚硝酸菌和硝酸菌的连续作用而化为可供植物吸收利用的硝酸态氮，这些硝酸态氮的一部分由「脱氮菌」又将它游离进入空气中，这些空气中的游离氮再由「固氮菌」或雷雨的闪电力量转为植物可吸收的氮肥，植物又吸收而长大，如此一再地利用同样的一批氮元素在大自然中循环不已。

解决土壤硬化板拮：土壤中无机磷肥常与铝、铁、钙质结合成不溶性复合物，不溶于水，又造成土质硬化现象。大多数的土壤微生物都能分泌酸性物质以助磷质的可溶化，提供植物吸收，增进磷肥。

防止化肥流失：施洒在土壤上的化学肥料，大约有一半以上会随雨水或灌溉渗漏到地下水或流至河流及湖泊。河流或湖泊累积的肥料，可能导致水的优氧化现象，使得水中的藻类大量繁殖，因而破坏自然生态的平衡。假设土壤中有丰富的微生物，则可先行吸收这些化学成分，转化为菌体营养，当菌体死亡时再慢慢分解释放给植物利用，藉此一步步降低化肥流失所带来的生态耗损。

解除毒素：土壤中的有害气体如硫化氢、氨气等，一部分由有机物发酵时，大量发生，另外也有一部分由土壤中「嫌气性菌」，如「硫酸还元菌」的繁殖所产生，这些气体溶于水中接触根部，将毒害组织而造成烂根，同时使病害菌乘机侵入根部而造成病害，如立枯病、黑腐病、秋落、落果等等。土壤微生物群中，如光合成菌，它可利用硫化氢、二氧化碳、水及日光或热能，将之转化成单醣类及硫酸根，硫酸根与氨又可化合为硫酸铵成为植物的肥分，不但使硫化氢、氨气等等的毒素从泥水中消失，而且还能把它们转变成有用的肥分，一举两得，这就是有益土壤微生物的一大功劳。

由于微生物这些作用，土壤养分才能充分发挥它的效果，要培养大量有益微生物于耕地上，最先必须准备一个适合微生物生存繁殖的有机温床，耕地上不但必备微生物的粮食─有机物质之外，并须注意到土壤空隙度、保水性以提供微生物生存所需的氧气及水分。然后定期地补充综合微生物群，以维持有益微生物的菌群优势来对抗病原菌的侵入，发挥其造肥、抑病的效果。