中华人民共和国教育部直属高等学校指由中华人民共和国教育部直属管理的一批高等学校，是中央部门直属高等学校的重要组成部分。
教育部直属高等学校
清华大学
北京大学
浙江大学
厦门大学
中南大学
中山大学
武汉大学
复旦大学
华中科技大学
南京大学
东南大学
中央戏剧学院
四川大学
同济大学
南开大学
山东大学
中国传媒大学
中国人民大学
上海交通大学
华南理工大学
西南交通大学
吉林大学
武汉理工大学
湖南大学
重庆大学
西安交通大学
江南大学
中国海洋大学
大连理工大学
天津大学
中华人民共和国教育部直接管理一批高等院校，目的是在探索改革上先走一步，在提高教学、科研和社会服务等方面发挥示范作用。
经过全国高校管理体制的调整，一批实力较强、学科特色鲜明的高校均划归教育部直属管理，建国以来国家历次所确定的全国重点大学多为教育部直属高校。
2018年，国家教育部召开支持和提升中西部高等教育发展座谈会，部署启动部省合建工作。通过部省合建这一新的机制和模式，在尚无教育部直属高校的省份，按“一省一校”原则，将重点建设郑州大学等14所高校，并纳入国家教育部直属高校序列。
